Po trwającej jedenaście sezonów walce, pełnej sukcesów i porażek na trzecioligowym froncie, Bałtyk Gdynia nie zdołał utrzymać się na tym poziomie rozgrywek. 10 czerwca 2023 roku, w sobotę, „Kadłuby” pokonały Jarotę Jarocin 4:0, swojego głównego konkurenta w rywalizacji o miejsce w dolnej części tabeli. Niestety, wyniki innych spotkań przekreśliły matematyczne szanse na utrzymanie drużyny w rozgrywkach makroregionalnych.
Sytuacja Bałtyku Gdynia w sezonie 2022/2023 była skomplikowana ze względu na problemy finansowe, organizacyjne i sportowe, które wpływały na drużynę przez ostatnie lata. W sezonie 2021/2022 udało im się uniknąć strefy spadkowej, mimo przegranej w ostatnim meczu z Jarotą Jarocin wynikiem 1:2.
W sobotę, 10 czerwca 2023 roku, drużyna ponownie stanęła do heroicznej walki o swoje miejsce w III lidze. Tym razem ich przeciwnikiem była również Jarota Jarocin, ale tym razem Bałtyk Gdynia triumfował wynikiem 4:0. Bramki zdobyli Arkadiusz Korpalski, Oktawian Skrzecz, Karol Fietz oraz Jan Boży. Niestety, ten sukces nie wystarczył do utrzymania ligowego statusu drużyny, gdyż w meczu rozgrywanym w Starogardzie Gdańskim Klub Piłkarski przegrał niespodziewanie z Vinetą Wolin 1:2, tracąc dwie bramki w 71. i 79. minucie.